Add new comment to php

Je jedno kam, ukládáte soubory. Důležité je na ně spránvě "ukázat". To ukázání je v podstatě výpis cesty k nim, ať už relativní, či absolutní - (URL).
Soubory se vkládají pomocí include("soubor.php"), nebo
require("soubor.php") a právě to "soubor.php" je cesta.
Jinak doporučuji stránky http://www.jakpsatweb.cz/. Tam jsou tyto základy podrobně a srozumitelně popsány a vysvětleny.