Add new comment to pořádí článků totožné jako pořadí položek v menu

No, pokud tvoříte menu podle kategorií a uzly máte vypsány pomocí Views s nějakým jiným řazením, tak to nikdy nebude stejné. Doporučuji to ve Views nastavit podle abecedy (tedy podle názvu uzlu) a v Taxonomy Menu se kouknout na volbu způsobující přeskládání menu. Tím pádem by pak mělo být rovněž podle abecedy.